El conflicto electoral en San Juan Mazatlán Mixe escaló a instancias federales tras la determinación de Martina Caballero García, representante de la planilla Azul, de impugnar ante la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación el fallo que favoreció a la planilla Roja. La excandidata, quien sostiene haber obtenido el triunfo con 4,085 votos respaldados por 27 comunidades, denunció que la resolución de la Sala Regional Xalapa validó un proceso viciado por la presunta falsificación de documentos. Caballero García señaló específicamente que la planilla contraria presentó un acta apócrifa de la comunidad de San Pedro Acatlán «El Grande», donde se registraron votos inexistentes para alterar el resultado final, a pesar de que dicha localidad decidió mantenerse neutral y no participar en los comicios.
Bajo una perspectiva de derechos humanos, la representante denunció ser víctima de violencia política de género, al considerar que la resistencia a reconocer su victoria deriva de su condición de mujer indígena en un municipio tradicionalmente gobernado por varones. Expuso que, pese a haber firmado un pacto de paz y civilidad con su contrincante, Esteban Santiago Aguilar, este no fue respetado, resultando en presiones constantes para abandonar su cargo, el cual defiende bajo la premisa de que su expediente fue el único que cumplió estrictamente con los requisitos del método electoral comunitario.
Finalmente, la controversia se centra en la validez de las actas de asamblea, un punto que incluso generó votos particulares en la instancia regional previa. Caballero García enfatizó que la planilla Roja se apoya en núcleos rurales con menor representación frente a la mayoría que, asegura, obtuvo su proyecto. Con la entrega de pruebas documentales sobre las supuestas anomalías, los recurrentes esperan que la Sala Superior rectifique el fallo para permitir la instalación del cabildo que, acusan, ha sido desplazado ilegalmente en un contexto de discriminación y cacicazgo regional.
